La topologie des botnets désigne la structure du réseau qui organise les interconnexions entre les botnets. Les topologies de botnet peuvent être soit centralisées autour d'un serveur de commande et de contrôle (serveur C&C), soit décentralisées grâce à la communication poste à poste (P2P). Les topologies typiques des botnets sont les suivantes : Étoile, dans laquelle les bots sont organisés autour d'un serveur C&C central. Multi-serveur, dans lequel il y a plusieurs serveurs C&C pour la redondance au cas où l'un d'eux serait désactivé. Hiérarchique : Les multiples serveurs C&C sont répartis en groupes accessibles depuis différents endroits. Cela augmente la fiabilité. La structure hiérarchique permet également de répartir les groupes de bots pour les louer à différents clients, et réduit le nombre de machines qui pourraient être découvertes à partir de la détection d'un seul groupe ou bot. Aléatoire : Dans lequel il n'y a aucun serveur C&C et où les bots communiquent de pair à pair (botnet P2P), les botnets plus sophistiqués utilisant le cryptage. Certains botnets non aléatoires peuvent être réorganisés en botnets P2P si un serveur C&C tombe en panne. Il s'agit d'une mesure de résilience.
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